青藏高原所实行北京部、拉萨部和昆明部“一所三部”的运行模式，北京部瞄准高水平人才基地、科学实验基地、学术交流基地、国际合作基地和综合协调基地建设，拉萨部瞄准高水平研究的科考-观测-实验基地、服务西藏持续发展基地、西藏科学普及教育基地建设，昆明部瞄准青藏高原极端环境下的生物遗传资源研究基地建设。还在加德满都、伊朗、挪威建有海外科学中心。研究所融合形成环境变化与地表过程、大陆碰撞与高原隆升、高寒生态与人类适应和三极观测与大数据4个研究中心，下设12大研究团队；建有青藏高原地球系统与资源环境重点实验室和国家青藏高原科学数据中心。已在青藏高原上部署10个野外观测台站（中心），分布于纳木错、珠峰、那曲、藏东南、阿里、慕士塔格、墨脱、昌都、玉树、阿尼玛卿等地，其中纳木错高寒湖泊与环境、珠穆朗玛特殊大气过程与环境变化、那曲高寒草地生态系统站成为国家级野外台站。研究所积极开展国内外学术交流与科技合作，与多个国家和地区建立了良好的合作关系，与国内相关院校、研究所、业务单位建立了广泛的联系和多种合作模式，也是中国青藏高原研究会、“一带一路”国际科学组织联盟（ANSO）秘书处的挂靠单位。
截至2023年底，青藏高原所共有职工381人、在读研究生456人。拥有中国科学院院士5人、特聘中国科学院院士3人、特聘中国科学院外籍院士2人、国际维加奖获得者1人、全国杰出专业技术人才1人。“国家杰出青年基金”获得者16人（含双聘1人）、“优秀青年基金”获得者10人，各类人才约占在编研究人员的1/3。研究所现设有自然地理学、地图学与地理信息系统、构造地质学、第四纪地质学、矿物学-岩石学-矿床学、大气物理学与大气环境、生态学、固体地球物理学、考古学等9个博士、硕士研究生培养点，在读研究生中留学生37人。研究所强化青藏高原地球系统多圈层综合观测研究，正在牵头推进第二次青藏高原综合科学考察研究国家专项、中国科学院“丝路环境”A类先导专项和国家基金委青藏高原地球系统基础科学研究中心项目的高质量实施，并积极推进“三极环境与气候变化”国际大科学计划和碳中和示范基地等国家重大科技任务，此外还承担了国家重点研发计划、国家自然科学基金委各类基金等项目。近五年来，研究所在青藏高原地球科学研究方面取得一批原创性的突破成果，部分入选国家“十三五”科技创新成就展，由Science杂志评选的2019年十大科学突破，中国科学院“率先行动”计划第一阶段重大科技成果及标志性进展等，“青藏高原碰撞隆升”研究集体荣获2020年度中国科学院杰出科技成就奖。2023年发表SCI论文500余篇，其中在Nature、Science、PNAS等顶级学术期刊上发表论文成果26篇。
2014年，青藏高原所首批进入中国科学院“率先行动”计划，实施了一批面向世界科技前沿与国家战略需求的重大科技任务，形成了专注于青藏高原地球系统科学的精锐人才队伍，为推动部署全所“十四五”规划和“率先行动”计划第二阶段打下坚实基础。2017年，研究所牵头协调全国力量，联合国际伙伴共同开展的第二次青藏科考在拉萨启动。习近平总书记就第二次青藏科考专门发来贺信并作出重要指示，为青藏高原研究提供了根本遵循和行动指南。2019年，第二次青藏科考国家专项正式启动实施。“十三五”期间，研究所致力于组织实施“丝路环境”A类先导专项与第二次青藏科考融合发展、一体推进青藏高原地球系统基础科学中心项目等重大任务高质量实施，积极建设“泛第三极环境”综合探测平台，拓展研究所发展空间，持续支撑并推动重大成果产出。
