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中国科学院第十二次院士大会通过１０项重要决定。这１０项重要决定包括：《关于通过第五届学部主席团及学部主席团执委会组成的决定》、《关于聘请中国科学院学部主席团顾问的决定》、《关于批准各学部第十二届常务委员会组成的决定》、《关于批准第三届学部咨询评议工作委员会组成的决定》、《关于批准第三届学部科学道德建设委员会组成的决定》、《关于批准第六批中国科学院外籍院士的决定》、《关于通过<中国科学院院士章程>修订稿的决定》、《关于通过技术科学部划分的决定》、《关于工程与材料科学部保留技术科学部名称的决定》、《关于同意生物学部更名为生命科学和医学学部的决定》。１０项重要决定具体内容如下：

关于通过第五届学部主席团及学部主席团执委会组成的决定
　　根据《中国科学院院士章程》和《中国科学院学部主席团换届选举办法》的有关规定，经中国科学院第十二次院士大会选举并经学部主席团确定，第五届学部主席团组成名单如下(按姓氏笔划为序)：
　　一、学部主席团
　　执行主席 路甬祥
　　成 员
　　方守贤 王佛松 白春礼 刘永坦 孙 枢 朱 静（女）
　　许智宏 李廷栋 李静海 陈可冀 陈宜瑜 周光召
　　周炳琨 贺贤土 赵忠贤 徐建中 程津培 程耿东
　　梁栋材 路甬祥 戴汝为 欧阳自远
　　
　　二、学部主席团执行委员会成员和秘书长
　　执行主席 路甬祥
　　成 员
　　白春礼 孙 枢 许智宏 李静海 陈宜瑜 周炳琨
　　贺贤土 赵忠贤 徐建中 路甬祥
　　秘 书 长 沈保根
　　中国科学院学部主席团
　　2004年6月5日

关于聘请中国科学院学部主席团顾问的决定
　　根据《中国科学院院士章程》第十九条规定，中国科学院学部主席团决定聘请下列科学团体和政府部门的代表为中国科学院学部主席团顾问：
　　徐匡迪 中国工程院院长
　　陈奎元 中国社会科学院院长
　　徐冠华 科学技术部部长
　　周光召 中国科学技术协会主席
　　陈宜瑜 国家自然科学基金委员会主任
　　张华祝 国防科学技术工业委员会副主任
　　王春正 国家发展改革委员会副主任
　　赵沁平 教育部副部长
　　楼继伟 财政部副部长
　　李安东 中国人民解放军总装备部副部长
　　张玉台 中国科学技术协会党组书记、副主席
　　中国科学院学部主席团
　　2004年6月5日

关于批准各学部第十二届常务委员会组成的决定
　　根据《中国科学院院士章程》和《中国科学院学部常务委员会换届选举办法》的有关规定，经中国科学院第十二次院士大会各学部选举并经学部主席团批准，各学部第十二届常务委员会组成名单如下(分学部，按姓氏笔划为序)：
　　数学物理学部（17人）
　　主 任：贺贤土
　　副主任：张恭庆 白以龙 艾国祥 甘子钊
　　常务委员：
　　方守贤 甘子钊 白以龙 艾国祥 孙义燧 张恭庆
　　李大潜 杨 乐 杨国桢 沈文庆 苏肇冰 姜伯驹
　　贺贤土 徐至展 崔尔杰 魏宝文 欧阳钟灿
　　
　　化学部（17人）
　　主 任：白春礼
　　副主任：朱道本 张礼和 佟振合 周其凤
　　常务委员：
　　方肇伦 白春礼 朱道本 江元生 张礼和 吴新涛
　　佟振合 陈洪渊 陈凯先 林国强 杨玉良 周其凤
　　胡 英 袁 权 曹 镛 程津培 黎乐民

　　生命科学和医学学部（17人）
　　主 任：陈宜瑜
　　副主任：许智宏 朱作言 强伯勤 唐守正
　　常务委员：
　　许智宏 张亚平 张新时 陈宜瑜 叶玉如（女）
　　朱作言 林其谁 裴 钢 吴祖泽 陈 竺 陈慰峰
　　贺福初 强伯勤 刘以训 吴常信 李振声 唐守正

　　地学部（19人）
　　主 任：孙 枢
　　副主任：吴国雄 张弥曼（女） 苏纪兰 陈 颙
　　常务委员：
    叶大年 孙 枢 戎嘉余 许志琴（女） 吴国雄
　　张国伟 张弥曼（女） 李吉均 李德仁 汪品先
　　苏纪兰 陈 颙 陈运泰 郑 度 秦大河 袁道先
　　高 俊 程国栋 童庆禧

　　信息技术科学部（15人）
　　主 任：周炳琨
　　副主任：王阳元 戴汝为 刘永坦
　　常务委员：
　　王阳元 刘永坦 朱中梁 吴宏鑫 吴德馨（女）
　　李衍达 周兴铭 周炳琨 林惠民 侯 洵 侯朝焕
　　姚建铨 夏建白 郭 雷 戴汝为

　　技术科学部（16人）
　　主 任：徐建中
　　副主任：朱 静（女） 张 泽 杨叔子 周锡元 程耿东
　　常务委员：
　　王大中 叶恒强 刘宝镛 朱 静（女） 严陆光
　　张 泽 李济生 杨 卫 杨叔子 陈 达 周锡元
　　徐建中 顾秉林 曹春晓 郑时龄 程耿东
　　中国科学院学部主席团
　　2004年6月5日

关于批准第三届学部咨询评议工作委员会组成的决定
　　根据《中国科学院院士章程》和《中国科学院专门委员会换届选举办法》的有关规定，经中国科学院第十二次院士大会各学部常委会推荐选举，并经学部主席团批准，第三届学部咨询评议工作委员会组成名单如下：
　　主 任：赵忠贤
　　成 员（按姓氏笔划为序）：
　　马志明 王阳元 叶大年 甘子钊 朱道本 张 泽
　　张新时 杨 卫 杨玉良 苏纪兰 陈 达 陈运泰
　　周兴铭 林其谁 侯朝焕 费维扬 赵忠贤 强伯勤
　　中国科学院学部主席团
　　2004年6月5日

关于批准第三届学部科学道德建设委员会组成的决定
　　根据《中国科学院院士章程》和《中国科学院专门委员会换届选举办法》的有关规定，经第十二次院士大会各学部常委会推荐选举，并经学部主席团批准，第三届学部科学道德建设委员会组成名单如下：
　　主 任：许智宏
　　副主任：张存浩
　　成 员（按姓氏笔划为序）：
　　王大中 白以龙 刘以训 许智宏 张存浩
　　张弥曼（女） 李大潜 李衍达 周其凤
　　周锡元 郑 度 戴汝为
　　中国科学院学部主席团
　　2004年6月5日

关于批准第六批中国科学院外籍院士的决定
　　根据《中国科学院院士章程》和《中国科学院外籍院士选举办法》的有关规定，经中国科学院第十二次院士大会选举，第六批中国科学院外籍院士名单如下：
　　杰马里·莱恩（法国）、肖荫堂（美国）、盖伊·德泰（法国）
　　托斯登·威塞尔（美国）、姚期智（美国）、理查德·N·杰尔（美国）
　　中国科学院学部主席团
　　2004年6月5日

关于通过《中国科学院院士章程》修订稿的决定
　　根据《中国科学院院士章程》第十八条的规定，经中国科学院第十二次院士大会全体院士投票表决，通过《中国科学院院士章程》修订稿，自修订之日起施行。
　　中国科学院学部主席团
　　2004年6月5日

关于通过技术科学部划分的决定
　　根据技术科学部《关于将技术科学部划分为两个学部的请示》，经学部主席团同意，中国科学院第十二次院士大会全体院士投票表决，通过技术科学部划分为信息技术科学部和工程与材料科学部。
　　中国科学院学部主席团
　　2004年6月5日

关于工程与材料科学部保留技术科学部名称的决定
　　划分后的工程与材料科学部院士讨论认为：１、技术科学是基础科学与工程的桥梁，是科学实践不可或缺的重要环节；２、划分后的新学部涵盖了17个一级学科，内容丰富，因此，保留技术科学部的名称仍是必要的；３、“技术科学”和“工程”在内涵上客观存在着差别，保留“技术科学部”名称可充分体现中国科学院学部的特色。因此，建议工程与材料科学部仍保留技术科学部的名称，并在工程与材料科学部全体院士会上投票表决，参加投票的院士69位，其中同意66票，弃权3票。根据表决结果，经学部主席团五届一次会议审议，同意划分后的工程与材料学部仍保留技术科学部的名称。
　　中国科学院学部主席团
　　2004年6月5日

关于同意生物学部更名为生命科学和医学学部的决定
　　2004年6月5日，学部主席团会议研究了生物学部提出的关于将生物学部更名为生命科学和医学学部的报告。
　　会议认为，随着现代科技的快速发展，许多科学概念也在不断地发生变化。以研究生物本身的特征和行为为主要目标的传统的生物学的研究范围，现在已经扩展到从生命的化学本质直至生物与其生存环境的互动作用的广阔领域，因此在国际上已普遍将此广义的生物学称为生命科学，它代表了现代科学的发展方向。
　　医学是人类在同疾病斗争的过程中，通过科学实验、技术创新和人文关怀等综合实践而不断发展起来的一门相对独立的科学。现代医学包括基础医学、预防医学、临床医学和药物学等主要分支。医学在促进人类社会的进步的同时，既为生命科学的发展提供了重大的目标需求，又从生命科学的创新中汲取知识源泉,对生命科学的进步产生了巨大的推动作用。
　　会议决定，为推进中国科学院学部的组织建设，充分发挥国家科学思想库的重要作用，同意生物学部更名为生命科学和医学学部，并在今后条件成熟时单独成立医学科学部。
　　中国科学院学部主席团
　　2004年6月5日