纳木错流域地处藏北南羌塘高原湖盆区东南部，属于高原亚寒带季风半干旱气候区，气候寒冷，空气稀薄，四季不分明，多风雨天气，秋季到春季常出现雪灾。

念青唐古拉山扎当冰川垭口建立的自动气象站

以中国科学院纳木错圈层相互作用综合观测研究站两年连续的监测研究发现：8级以上的大风有53天，冬春大风日多，夏秋相对少，全年盛行南风或西南风，夏季有湖陆风现象；年平均气温为0℃，年内极端最高与最低气温分别为20.6℃和-26. 4℃,最暖月是7月，12月为最冷月，年降水量为281.8mm。降水量集中在5～10月，夜雨>昼雨。此外，纳木错站还在念青唐古拉山的南北坡和垭口建立自动立体气象站，进行立体式的连续监测，取得了宝贵的第一手资料。